Franciskus anlände på fredagen till Sydsudan tillsammans med ärkebiskopen av Cantebury, Justin Welby, och Iain Greenshields, moderator i generalförsamlingen för Skotska kyrkan.
De kyrkliga ledarna ska under sin tre dagar långa vistelse påtala vikten av försoning och förlåtelse i det övervägande kristna landet, som ännu tyngs av ständigt pågående väpnat våld i spåren av inbördeskriget.
I samband med påvens besök dödades på torsdagen 21 personer i ett dåd som uppges ha varit en hämndattack, utförd av rivaliserande boskapsuppfödare i kommunen Kajo-Keji i delstaten Central Equatoria.
"Kajo-Kejis kommissionär fördömer i starkast möjliga ordalag attacken på boskapsuppfödarverksamheten och massakern på oskyldiga civila i denna barbariska hämndaktion", säger kommissionärens kansli i ett uttalande.
Utvecklingen i världens yngsta nation Sydsudan har varit skakig sedan självständigheten från Sudan 2011. Ett inbördeskrig rasade mellan 2013 och 2018, då uppskattningsvis 400 000 människor dödades och miljoner drevs på flykt.