Runt 90 000 människor är påverkade av översvämningarna som vattenfyllt bostäder, lagt grödor under vatten och tvingat människor och boskap att ta sin tillflykt till högre terräng, larmar FN-organet OCHA.
Värst drabbade är delar av delstaten Jonglei. För många är det andra gången sedan i maj som som de berörs, enligt uttalandet.
Sydsudan kämpar fortfarande med att hämta sig efter ett femårigt inbördeskrig som krävde närmare 400 000 människoliv. Runt 82 procent av de elva miljoner invånarna är fattiga, enligt Världsbanken.
FN vädjar om omedelbar hjälp med tak över huvudet, mediciner och tillgång till rent vatten.