Regeringens beslut på fredagen kom sedan kraftiga regn översvämmat delar av regionerna Övre Nilen och Bahr el-Ghazal.
Informationsminister Michael Makuei Lueth säger att tusentals invånare har tvingats lämna sina hem. Dödstalet, som nu tros vara över hundra döda, är ännu inte officiellt fastställt. Även president Salva Kiir har vädjat om utländskt stöd.
2021 drabbades över 800 000 människor av översvämningar. Naturkatastrofernas omfattning förstärkt av att översvämningar inträffat de senaste tre åren.
Översvämningarna innebär också att sjukdomar och smittor som sprids genom vatten får fäste i landet. Människor drabbas också av ökat antal ormbett då översvämningarna lockar fram giftiga ormar till tätbefolkade områden.