Frågan om maktdelningen i en gemensam väpnad styrka var en av flera knutar som måste lösas för att rädda det sköra avtal om maktdelning som slöts 2018.
Enligt den nya överenskommelsen får president Salva Kiirs falang 60 procent av nyckelposterna inom ledningen för armén, polisen och säkerhetsstyrkorna. Tidigare rebelledaren, numera vicepresident, Riek Machar och hans parti SPLA-IO får övriga poster.
– Fred handlar om säkerhet och i dag har vi nått en milstolpe, säger Martin Abucha, som företräder SPLA-IO.
Konflikten har hotat att äventyra det avtal om maktdelning som parterna slöt efter fem års inbördeskrig. I uppgörelsen blev Kiir president och Machar vicepresident, men det politiska läget är fortsatt instabilt.
FN:s säkerhetsråd röstade i mars för att förlänga det fredsbevarande uppdraget i landet till mars nästa år. Uppdraget är ett av FN:s dyraste, med en årlig kostnad på över 9,6 miljarder kronor.
Världens yngsta nation Sydsudan har haft en instabil väg sedan självständigheten 2011. Inbördeskrig rasade mellan 2013 och 2018 då uppskattningsvis 400 000 människor dödades och miljoner drevs på flykt. Om mindre än ett år är det tänkt att ett val ska hållas i landet.
Fyra av fem av de elva miljoner invånarna beräknas leva i "absolut fattigdom" enligt Världsbanken.