"Du har uppnått seger trots de hot och sanktioner som har belagts på dig", säger Raisi till Assad enligt ett uttalande från det syriska presidentkansliet och den statliga iranska nyhetsbyrån Irna.
Iran har stöttat president Bashar al-Assads regering i inbördeskriget som har pågått i Syrien sedan 2011. Bland annat har man bistått med ekonomiskt, politiskt och militärt stöd.
Raisi och hans delegation togs emot på flygplatsen i Damaskus av finansminister Samer al-Khalil. Raisi väntas under det två dagar långa besöket bland annat skriva under flera överenskommelser, enligt syriska statliga medier. På dagordningen står bland annat utökat ekonomiskt samarbete.
Senast en sittande iransk president besökte Syrien var Mahmoud Ahmadinejads besök 2010.