"I dag, på president Bidens order, genomförde amerikanska militära styrkor ett självförsvarsanfall mot en anläggning i östra Syrien som används av Irans islamiska revolutionsgarde (IRGC) och anslutna grupper", säger han i ett uttalande på onsdagen, amerikansk tid.
Han tillägger att attacken genomfördes av två stridsplan av typen F-15. Det är andra gången på två veckor som USA:s militär har attackerat mål i Syrien som de uppger har kopplingar till Iranstödda grupper.
Washington beskyller dessa grupper för en ökning av attackerna mot amerikanska styrkor i Mellanöstern sedan kriget mellan Israel och Hamas inleddes.
"Presidenten prioriterar inget högre än säkerheten för amerikansk personal, och han beordrade dagens aktion för att klargöra att USA kommer att försvara sig själv, sin personal och sina intressen", fortsätter uttalandet från Austin.
Omkring 2 500 amerikanska soldater är stationerade i Irak och cirka 900 i Syrien, som en del i insatserna för att förhindra att IS återtar kontroll i regionen.
"Vi avråder från alla upptrappningar. Amerikansk personal kommer att fortsätta utföra uppdrag mot IS i Irak och Syrien", säger Austin.