Det uppger USA:s försvarshögkvarter Pentagon.
"Avlägsnandet av denna ledare för al-Qaida kommer att störa terrororganisationens förmåga att planera och utföra globala angrepp framöver," säger talespersonen John Rigsbee.
Ingen annan ska såvitt USA vet ha dödats i angreppet, som sker två dagar efter det att en amerikansk utpost anfölls i södra Syrien. I den koordinerade attacken besköts militärbasen, som används för att bekämpa terrorrörelsen IS, av både drönare och raketer, men inga amerikaner skadades eller dödades, enligt USA.
I slutet av september dödade USA en annan av al-Qaidas befälhavare i ett luftangrepp nära Idlib i nordvästra Syrien.
"Al-Qaida fortsätter att vara ett aktuellt hot mot USA och våra allierade. Al-Qaida använder Syrien som en fristad för att återuppbygga, koordinera och planera yttre operationer", säger Rigsbee.