Bland dödsoffren finns en säkerhetstjänsteman, samtidigt som 13 andra ur säkerhetsstyrkorna skadades allvarligt i attacken, uppger departementet. Enligt departementet attackerades dessa av personer från "organiserade kriminella grupper", beväpnade med bland annat molotovcoctails.
Angreppet ska ha skett sedan säkerhetsstyrkor kallades in med anledning av att 200 beväpnade personer blockerat en huvudväg vid gränsen mot Afghanistan.
Situationen i den autonoma regionen Gorno-Badakhshan har varit spänd ända sedan inbördeskriget på 1990-talet, med rebellgrupper som motsatt sig regeringen.