Det är det första avtalet av sitt slag som Taiwan tecknar med ett EU-land.
Avtalet gäller ett samarbete mellan länderna i civila och kommersiella sammanhang. De har sedan förra året ett avtal om straffrättsligt samarbete.
Taiwans utrikesminister Joseph Wu beskriver det som en "extraordinär milstolpe". Martin Laurencik, vice talman i det slovakiska parlamentet och ledare för landets delegation, säger enligt tidningen Taipei Times att det utgör ytterligare ett stort steg i ländernas samarbete och vänskap.
Taiwan har bara regelrätta diplomatiska förbindelser med en handfull stater. Kina, som betraktar Taiwan som en kinesisk utbrytarregion, vill inte samarbeta med länder som har band till Taiwan.
EU skriver under på den så kallade "Ett Kina"-linjen, som utesluter diplomatiska band till Taiwan. Men unionen har handelsrepresentation i Taiwan, och Taiwan har det i Bryssel.