Den Genèvebaserade organisationen har listat "allvarliga kränkningar av de mänskliga rättigheterna" under protesterna i torsdags då människor gick ut på gatorna för att protestera mot att juntan förlängt sitt styre med två år.
Just torsdagen var den dag som av militären tidigare utlovats bli dagen för val och en återgång till civilt styre. Men så sent som i föregående veckan sköts övergången till ett demokratiskt styre åter på framtiden.
Juntaledaren Mahamat Idriss Déby sade i ett tv-sänt tal på måndagen att det som inträffade i torsdags var ett "noga förberett uppror med stöd från främmande makter". Han menar att det finns krafter som vill ha landet i inbördeskrig.
FN säger att man beklagar det dödliga våldet och kräver en utredning av uppgifter om människorättskränkningar. AU (Afrikanska unionen) och EU har också fördömt sättet på vilket protesterna bemöttes.