Mötet ägde rum bara en vecka efter Xis tre timmar långa samtal med USA:s president Joe Biden under G20-mötet på Bali i Indonesien.
En källa som vill vara anonym säger till AFP att Harris upprepade Bidens budskap till Xi om att länderna måste ha öppna kommunikationsvägar för att kunna hantera konkurrensen mellan dem på ett ansvarsfullt sätt.
Enligt ett kortfattat uttalande från det kinesiska utrikesdepartementet var samtalet mellan Harris och Xi "strategiskt och konstruktivt".
Under fredagen deltog den amerikanska vicepresidenten i krissamtal om Nordkoreas senaste robottester tillsammans med ledare från Japan, Sydkorea, Australien, Kanada och Nya Zeeland. Länderna kom därefter med ett kraftfullt gemensamt fördömande av Pyongyang.
Under lördagen meddelade Harris att nästa stora Apec-möte kommer att hållas i San Francisco på USA:s västkust i november 2023. Det innebär en möjlighet för en sällsynt USA-visit för Kinas president.
Tidigt nästa år väntas USA:s utrikesminister Antony Blinken besöka Kina, vilket blir den första resan till landet för en amerikansk toppolitiker sedan 2018.