"I dag har Amharas specialstyrka som hade åtagit sig ett nationellt uppdrag (i Shire) med försvarsstyrkan lämnat området enligt avtalet", skriver den federala försvarsstyrkan i ett uttalande på Facebook.
Uttalandet hänvisar till den vapenvila som Etiopiens regering och gruppen Tigreanska folkets befrielsefront (TPLF) kom överens om i november.
Beslutet kommer efter att rebellerna i Tigray i onsdags lämnade över vapen som en del i överenskommelsen.
Syftet med överenskommelsen är att få ett slut på konflikten som varat i två år. Förutom återlämnandet av vapen ska federala myndigheter återta kontrollen, och kommunikationer med regionen återupptas.
Hundratusentals människor befaras av FN och USA ha mist livet i konflikten.