Dådet ägde rum vid lunchtid på torsdagen.
"Den skyldige attackerade en lärare med en machete före lunchtid. Läraren dog tyvärr i attacken", skriver polisen på Twitter.
Angriparen, som lämnade macheten vid brottsplatsen, sprang därifrån vid dådet. Hundratals poliser och en helikopter aktiverades för att kunna gripa eleven, enligt polisen.
Utbildningsminister Petr Gazdik sade i en kommentar efter attacken att "läraren hade angripits av sin elev", troligen efter att de båda haft ett gräl sedan eleven dagen innan misslyckats i skolan.
Polisen har meddelat att den misstänkte har gripits.