Den rike 68-åringen, som jämförts med USA:s Donald Trump, står åtalad tillsammans med sin tidigare medarbetare Jana Nagyova.
Rättegången i Prag, som började under måndagen, har fått stor uppmärksamhet i Tjeckien. Press och åhörare hade samlats vid domstolen för att se Babis anlända. På andra sidan gatan hade Babis kritiker byggt en provisorisk cell, där en demonstrant satt iklädd en mask föreställande Babis.
Babis anklagas för att bedrägligt ha tillskansat sig motsvarande cirka 21 miljoner svenska kronor i EU-bidrag till en konferensanläggning 2007, genom att via en skenmanöver dölja att han är ägare. Bidragen har senare betalats tillbaka.
Babis själv förnekar att han gjort något olagligt och anser att rättegången är politiskt motiverad.
Babis populistiska mittenparti Ano förlorade med knapp marginal sin majoritet i valet den 9 oktober, sedan den borgerliga oppositionen med Petr Fiala i spetsen fått något fler röster.
Tjeckien håller presidentval nästa år och Babis väntas ställa upp. Han var Tjeckiens premiärminister 2017–2021.