Personerna dödades i lördags i en explosion i Tone-prefekturen i norr, nära gränsen mot Burkina Faso där militanta islamister är aktiva, och omständigheterna kring dådet har varit oklara.
Efter en utredning medger militären att ett patrullerande militärflygplan på natten misstog de civila för jihadister och utförde en attack. Togos militära styrkor är utplacerade i området för att se till att jihadister i Burkina Faso inte kommer in över landets gränser.
"De togolesiska väpnade styrkorna beklagar djupt denna tragedi och vill återigen framföra våra uppriktiga kondoleanser till de drabbades familjer", säger stabschefen Dadja Maganawe i ett uttalande.