– Så fort den här medborgarens fru vädjade till mig sade jag omedelbart till åklagarna att undersöka om han kunde få behandling utomlands, sade Putin i ett tv-framträdande.
Han tillade att Navalnyj fick lämna Ryssland trots att han hade reserestriktioner på grunder av en brottsutredning.
Den 20 augusti blev Navalnyj allvarligt sjuk under en flygresa i Sibirien. Efter två dagar tilläts han resa ut för att få vård i Berlin.
Tyska, franska och svenska experter samt företrädare för antikemvapenorganisationen OPCW har konstaterat att Navalnyj utsatts för det gamla sovjetiska nervgiftet novitjok.
Den ryska regeringen har förnekat alla inblandning i förgiftningen.
På torsdagen sade Putin att om någon i Ryssland velat förgifta Navalnyj hade han aldrig fått föras utomlands för att få behandling.