Venezuela kräver att händelsen utreds av myndigheterna, heter det i ett uttalande.
Enligt Trinidads kustbevakning sköt man "i självförsvar" mot båten som hade vägrat lyda upprepade uppmaningar om att stanna.
Trinidad och Tobagos premiärminister, Keith Rowley, uppmanar venezuelaner att "inte riskera sina och andras liv" under olagliga och farliga resor till Trinidad och Tobago.
Sedan 2018 har mer än 100 människor mist livet i förlisningar i området mellan Trinidad och Tobago och Venezuela – bara cirka 100 kilometer från varandra.
Rutten är hårt trafikerad av smugglare som transporterar migranter som försöker fly det krisdrabbade Venezuela. Båtar är ofta överlastade och olyckor är vanliga.
Enligt FN har cirka fem miljoner venezuelaner flytt från landet sedan 2015. Av dem ska cirka 25 000 försökt ta sig till Trinidad och Tobago, med 1,3 miljoner invånare.