Migranterna kördes bort eller flydde från hamnstaden Sfax sedan oroligheter brutit ut efter bråk mellan invånare i staden och migranter från länder söder om Sahara i början av juli. Många av dem bussades av säkerhetsstyrkor till ett ökenområde nära gränsen till Libyen där de lämnades strandsatta utan mat eller eller vatten.
Abdellatif Chabou, chef för tunisiska Röda halvmånen, säger att hjälporganisationen fått tillåtelse att hämta migranterna och ge dem humanitär hjälp. Sedan i söndags har 630 migranter tagits om hand.
Mindre grupper av migranter sägs fortfarande vara strandsatta nära gränserna mot Algeriet och Libyen.
Sfax, Tunisiens näst största stad, är utgångspunkt för många afrikanska migranter som hoppas kunna nå Italien och EU sjövägen.