Uppgörelsen om att bland annat erbjuda tillfälligt skydd för migranterna kom efter uppgifter om att flera av dem dött i ökentrakter. Migranterna hade förts till ökenområdena av tunisiska myndigheter enligt bland annat FN-organ.
Omkring 300 migranter, de flesta från länder söder om Sahara, uppges befinna sig vid gränsområdet Ras Ajdir mellan Libyen och Tunisien.
Men på torsdagen hade många av dem förflyttats, bland annat till läger i städerna Tatouine och Medenine.
Faker Bouzghaya, talesperson för Tunisiens inrikesdepartement, sade på torsdagen att överenskommelsen kom till stånd efter ett möte med Libyens motpart.
Tunisien ska ta om hand 108 vuxna och 8 barn, medan Libyen ska hjälpa de övriga mellan 150 och 200 personerna som tagit sig till kustområdet Ras Ajdir.