Det hårt trafikerade sundet förbinder Egeiska havet och Marmarasjön och är den enda sjövägen mellan Medelhavet och Svarta havet.
Sjöfarten söderut är ännu öppen, om även den ska stängas är ännu oklart. De fartyg som befinner sig i sundet kommer att skyddas av bogserbåtar om elden kommer nära vattnet, uppger transportdepartementet.
På land har sex byar evakuerats och en motorväg stängts.
– Vi har koncentrerat alla våra insatser på att rädda centrala Canakkale och den goda nyhet vi har är att vinden ser ut att ta branden bort från staden, säger jordbruksminister Ibrahim Yumakli.