Grottor, skyddsrum och depåer förstördes i flyganfallen, uppger departementet.
Attackerna kom efter att Turkiets utrikesminister Hakan Fidan varnat för förnyade och utökade flygattacker i Syrien och Irak, efter helgens självmordsattack mot Turkiets inrikesdepartement.
Turkiet svarade då med att bomba kurdiska mål i norra Irak samt att gripa misstänkta PKK-medlemmar.
– Våra säkerhetsstyrkor har slagit fast att de två terroristerna kom från Syrien och hade utbildats där, sade Fidan i ett tv-sänt tal. Han lade till att all infrastruktur (som tillhör beväpnade kurdiska grupper) är "legitima mål för våra säkerhetsstyrkor".
Mazloum Abdi, befälhavare för den kurddominerade SDF-alliansen (Syriens demokratiska styrkor), förnekade på onsdagen anklagelserna.
"Vi är inte en del av den interna konflikten i Turkiet", skriver Abdi på X, tidigare Twitter.
Enligt honom letar Turkiet efter "en anledning att legitimera sina kontinuerliga attacker mot vår region". Han skriver vidare att angrepp mot infrastruktur och ekonomiska mål i nordöstra Syrien "betraktas som krigsbrott".
Kurdistans arbetarparti (PKK) är terrorstämplat av Turkiet, EU och USA. Det grundades 1978 som ett marxistiskt parti. 1984 tog gruppen till vapen mot den turkiska staten i sin kamp för självständighet.