Mannen, som nu är 98 år gammal, var SS-vakt i koncentrationslägret Sachenhausen i närheten av huvudstaden Berlin, mellan juli 1943 och februari 1945.
Nu anklagas han för att ha "medverkat till det grymma och försåtliga dödandet av tusentals fångar", uppger åklagare Thomas Hauburger.
En psykiatrisk bedömning som gjordes i oktober 2022 visar att han "inom vissa gränser" är lämplig att ställas inför rätta.
Eftersom mannen var tonåring då de misstänkta brotten begicks kommer rättsfallet att avgöras av en ungdomsdomstol.
En vägledande dom i Tyskland under 2011 gjorde det möjligt att dömas för medhjälp till mord enbart för att ha tjänstgjort i ett nazistiskt koncentrationsläger.
Sedan dess har flera människor dömts. Men med tanke på de anklagades höga ålder har många rättegångar också fått ställas in.
Förra året dömdes en 101-årig före detta koncentrationslägervakt till fem års fängelse för medhjälp till mord.
Mannen, den äldsta hittills att ställas inför rätta, avled i april i år i väntan på resultatet av ett överklagande.