Kvinnan, som heter Irmgard Furchner, arbetade i lägret mellan juni 1943 och april 1945. Då hon inte dök upp i domstolen i Itzehoe i norra Tyskland utfärdade domaren en arresteringsorder, och på eftermiddagen kunde kvinnan gripas.
Processen mot Furchner är en av de sista i sitt slag, då många vakter och andra anställda i Nazitysklands koncentrations- och förintelseläger i dag är döda. Men nästa vecka inleds en annan rättegång i Neuruppin nordväst om Berlin, där en 100-årig tidigare lägervakt står åtalad, skriver nyhetsbyrån AFP.
Omkring 65 000 judar, polska motståndsmän, sovjetiska krigsflyktingar och andra dog i Stutthof, som ligger i närheten av Gdansk i dagens Polen.
Omkring sex miljoner judar dödades under Nazitysklands folkmord 1933-1945. Även bland annat romer, homosexuella och andra för Hitlerväldet misshagliga personer föll offer för den systematiska utrotningskampanjen, vilket gör det sammanlagda antalet offer för Förintelsen mycket högre.
Den 1 oktober är det 75 år sedan Adolf Hitlers ställföreträdare Hermann Göring och andra ledande nazister dömdes till döden genom hängning vid den första Nürnbergrättegången.