Enligt polisen hade en del demonstranter "trakasserat och angripit" poliser och även forcerat avstängningar. Flera tusen demonstranter deltog, med tyngdpunkten på området Charlottenburg i västra delen av staden och i centrum.
"De försökte bryta igenom polisleden och dra ut våra kollegor. Detta ledde till användning av pepparspray, batonger och fysiskt våld", skriver Berlinpolisen på Twitter.
Hotade med vattenkanoner
Efter hot om att vattenkanoner skulle sättas in för att skingra folkmassan som var på väg mot Brandenburger Tor under eftermiddagen började människor troppa av, enligt polisen.
Demonstrationen hade utlysts av den så kallade Querdenker-rörelsen, vars medlemmar har seglat upp som de mest högljudda kritikerna av myndigheternas pandemistrategi.
En domstol har förbjudit flera planerade demonstrationer den här helgen, bland annat den som var utlyst i Berlin på söndagen. Domstolen motiverar beslutet med ökande smittspridning och risk för att deltagarna inte följer regler för munskydd och avstånd.
Under övervakning
En del demonstranter höll upp plakat med budskap som "Frihet" och "Nej till coronadiktatur". Få bar munskydd.
Querdenker-rörelsen utgörs av en blandning av människor, inklusive vaccinmotståndare, konspirationsteoretiker och högerextremister. Tyska författningsskyddet (BFV) meddelade i april att vissa Querdenker-medlemmar satts under övervakning på grund av farhågor om att de kan hota demokratin.