"Antisemitism har ingen plats i Tyskland, vi kommer att bekämpa den med all vår makt", säger inrikesminister Nancy Faeser (SPD) i ett uttalande.
Beslutet innebär att organisationerna kommer att få sina tillgångar konfiskerade och att deras närvaro på internet och i sociala medier kommer att förbjudas.
Enligt myndigheterna finns omkring 450 personer i Tyskland som är aktiva i terrorstämplade Hamas, många av dem tyska medborgare, även om det inte finns någon officiell gren av organisationen i landet.
Samidoun beskriver sig själva som ett palestinskt solidaritetsnätverk, och organisationen har verksamhet i många europeiska länder. Enligt den tyska underrättelsetjänsten har Samidoun dock kopplingar till den radikala palestinska organisationen Folkfronten för Palestinas befrielse (PFLP) och är fientligt inställd till Israel. PFLP propagerar själv för väpnad kamp mot Israel, men är till skillnad från Hamas inte religiös.
Nancy Faeser anser att Samidoun står för en antisemitisk och omänsklig världsbild genom sitt spontana "jubelfirande" i Tyskland som svar på Hamas terroristattacker mot Israel den 7 oktober. Samidouns representanter i Berlin firade Hamasmassakern genom att dela ut godis, uppger Tagesschau.