Värst drabbat blev staden Paderborn i Nordrhein-Westfalen. Där skadades ett 30-tal personer, varav minst 10 allvarligt, rapporterar radiokanalen WDR.
Taket ska ha blåst av "otaliga" hus.
Hur stora skador som ovädret orsakat är ännu inte klart, men under fredagskvällen var flera gator ännu omöjliga att ta sig fram på, på grund av nerfallna träd och annat bråte samt mängder av skadade bilar.
Även från närliggande Lippstadt rapporteras stora skador, och en stor del av tågtrafiken i regionen står still på grund av hinder över rälsen.
Polisen ber allmänheten att inte ge sig ut och, om de måste, inte bege sig till de hårdast drabbade områdena.
Hur många tornador som drog fram över Nordrhein-Westfalen är oklart. Rapporter om tornador har kommit från många orter, men meteorologer varnar för att väderfenomenet kan vara svårt att skilja från hårt oväder.
Ovädret började under torsdagen och väntas sakta dra österut under helgen. I flera städer som drabbats av orkanvindar eller hårda regn har stora översvämningar rapporterats, bland annat Düsseldorf, skriver Rheinische Post.