Priset är uppkallat efter Karl den store och tilldelas årligen personer som anses främja europeisk enighet.
– Rysslands krig i Ukraina har klargjort att landet är en del av vår europeiska familj, sade Tysklands förbundskansler Olaf Scholz som också deltog i prisceremonin.
Scholz konstaterade också att det det ryska anfallskriget "fört EU och Ukraina närmare varandra än någonsin tidigare".
Även Ursula von der Leyen hade idel lovord till Zelenskyj.
– President Zelenskyj och folket i Ukraina kämpar för de värderingar och de skyldigheter som detta pris står för, sade von der Leyen.
– Genom att göra det kämpar de också för vår egen frihet och våra värderingar. Demokrati och rättsstatsprincipen, yttrandefriheten och friheten att skapa sitt eget öde, fortsatte hon.