Räden kommer efter att Tyskland förbjudit den terrorstämplade organisationen Hamas och sammankopplade grupper från att verka i landet.
Den senaste tiden har Tyskland sett en ökning av antisemitism i samband med kriget mellan Israel och Hamas.
"Just nu, i en tid då många judar känner sig särskilt hotade, tolererar vi ingen islamistisk propaganda och ingen antisemitisk och antiisraelisk uppvigling", säger inrikesminister Nancy Faeser i ett uttalande.
Torsdagens operation riktades mot Hamburgs islamiska center och fem andra närstående grupper – i sex av Tysklands 16 förbundsstater, inklusive Hamburg och Berlin.
Hamburgs islamiska center har sedan tidigare övervakats av Tysklands underrättelsetjänst. Inrikesdepartementet anser att gruppens aktiviteter syftar till att sprida Irans högsta ledares "revolutionära koncept", vilket misstänks bryta mot den tyska konstitutionen.
Inga gripanden gjordes under räderna.