"Vi genomför insatser mot radikala islamister. Genom att förbjuda Hamas och Samidoun i Tyskland har vi sänt en tydlig signal om att vi inte kommer att tolerera några ursäkter eller stöd för Hamas barbariska terror mot Israel", säger inrikesminister Nancy Faeser i ett uttalande.
"Islamister och antisemiter ska inte känna sig säkra någonstans", säger hon.
Räderna gjordes främst i Berlin.
Under torsdagsmorgonen meddelas att 15 fastigheter har genomsökts sedan tidigt på morgonen efter att domstolar i fyra delstater beordrat tillslagen.
Tyskland förbjöd den 2 november terrororganisationen Hamas och det palestinska nätverket Samidoun från att verka i landet.