Ytterligare fem personer skadades i attacken, tre av dem allvarligt enligt polisen i Flensburg.
– Det här är helt fruktansvärt. Vi är i chock, säger Sabine Sütterlin-Waack, delstaten Schleswig-Holsteins inrikesminister, som till radiokanalen NDR bekräftar att två personer dött.
En misstänkt gärningsman, som uppges vara mellan 20 och 30 år gammal, kunde gripas av polis när tåget ankom till tågstationen i Brockstedt. Även han ska vara skadad.
Mannens motiv är ännu inte klarlagt. Klart är att han vid 15-tiden gick till angrepp med en kniv mot medpassagerare på tåget som var på väg från Kiel till Hamburg.