Förbandet har tagits ur tjänst "tills vidare" medan utredningen pågår, säger departementets talesperson Arne Collatz och betonar att det råder nolltolerans mot högerextremism.
Den interna utredningen omfattar tiotals soldater, enligt Collatz.
Vittnen har berättat för tidningen Der Spiegel att en högerextrem grupp på minst sex soldater har formats inom förbandet.
Tyska tjänstemän understryker att departementet är fast beslutet att utrota högerextremism inom militären. Förra året upplöste försvarsminister Annegret Kramp-Karrenbauer ett förband inom de tyska specialstyrkorna där extremism fått frodas bakom en "mur av sekretess".