Demonstranter samlades på onsdagen vid Ben Gurions internationella flygplats varifrån Netanyahu skulle flyga med destination Tyskland.
"Diktator på flykt" och "Kom inte tillbaka" stod skrivet på banderoller som demonstranter höll upp.
Netanyahus regeringskansli meddelade på onsdagen att premiärminister förkortar det officiella besöket från två dagar till en och återvänder därmed redan på torsdagen.
Men Netanyahu lär möta omfattande protester även i Berlin. Säkerhetspådraget runt hotellet Waldorf Astoria och runt presidentpalatsen Bellevue är omfattande.
Premiärminister Netanyahu ska träffa Tysklands förbundskansler Olaf Scholz och president Frank-Walter Steinmeier.
Protesterna gäller främst de rättsliga och juridiska förändringar som Netanyahus regeringskoalition vill genomföra. Ett av förslagen rör minskat mandat för landets högsta domstol.
Israels parlament, knesset, kan med enkel majoritet förkasta en dom från högsta domstolen enligt förslaget. Lagen har godkänts vid en första läsning i knesset. Protesterna mot ytterhögerregeringens förslag har pågått i tio veckor.