Myndigheterna i Uganda säger att utbrottet är koncentrerat till distrikten Mubende och Kassanda, och inte har nått huvudstaden Kampala med 1,5 miljoner invånare – trots att ett par testat positivt där.
Enligt hälsodepartementet har 19 personer avlidit och minst 58 fall av sjukdomen har bekräftats.
I ett tv-sänt tal på lördagen sade Ugandas president Yoweri Museveni att Mubende och Kassanda stängs av omedelbart och människor får varken lämna områdena eller ta sig dit. Dessutom införs ett nattligt utegångsförbud och exempelvis marknader, barer och kyrkor stängs. Nedstängningen ska gälla i 21 dagar.
Tidigare har Museveni bland annat beordrat polisen att gripa misstänkt insjuknade personer som vägrar att isolera sig.
Det finns dagsläget inget vaccin mot den stam av ebolaviruset som ligger bakom utbrottet i Uganda, den så kallade Sudan-varianten. Enligt Världshälsoorganisationen (WHO) kan kliniska prövningar av läkemedel mot sjukdomen påbörjas inom några veckor.
Utbrott av ebola, som sprids genom kroppsvätskor och ger symtom som feber, kräkningar, blödningar och diarré, är svåra att begränsa, inte minst i stadsmiljöer. Senaste gången ett dödsfall från ett ebolautbrott registrerades i Uganda var 2019.