Underkontor i städerna Gulu och Moroto har redan under de senaste veckorna stängt.
"Jag beklagar att vårt kontor i Uganda var tvunget att stänga efter 18 år, under vilka vi kunde arbeta nära civilsamhället, människor från olika samhällsskikt i Uganda samt samarbeta med statliga institutioner för att främja och skydda mänskliga rättigheter för alla ugandier", säger Volker Turk, FN:s högkommissarie för mänskliga rättigheter, i ett uttalande.
Han tillägger att framsteg har gjorts under åren, men att "allvarliga utmaningar för de mänskliga rättigheterna kvarstår".
Turk uttrycker i synnerhet oro inför valet 2026 mot bakgrund av den "allt mer fientliga miljö där människorättsförsvarare, aktörer från civilsamhället och journalister är verksamma".
Regeringen har inte kommenterat stängningen. Oppositionen i landet är däremot kritisk till beslutet.