Två av soldaterna döms till döden, de tre andra till 39 års fängelse var, skriver Amisom i ett uttalande. En rättsprocess inleddes tidigare i år efter anklagelser om döda civila i staden Golweyn.
Amisom har omkring 20 000 soldater i Somalia, med uppgift att hålla militanta extremister borta.
Det är inte första gången som ugandiska soldater döms för brott i samband med insatsen. 2016 dömdes nio soldater för att illegalt ha sålt bensin till civilbefolkningen.
Människorättsgrupper har höjt rösten i flera fall där civila i Somalia uppges ha dödats och utnyttjats sexuellt av soldater, men utredningarna har inte lett till någon fällande dom.