Stängningen aviserades i början av månaden, efter att åtta barn dött av sjukdomen.
Stängningen av skolor sker trots att antalet nya fall sedan dess har sjunkit, enligt hälsodepartementet.
– Vi uppmanar befolkningen att fortsätta vara på sin vakt och samarbeta med vårdteamen om vi ska vinna den här kampen, och det finns tecken som tyder på att Uganda är på väg att vinna, säger hälsominister Jane Ruth Aceng.
Utbrottet har krävt 55 liv, enligt myndigheterna.