En sovsal sattes i brand och ett matförråd plundrades när en skola i Mpondwe, som ligger nära gränsen till Kongo-Kinshasa, attackerades sent i fredags kväll, enligt polisens talesperson Fred Enanga.
Minst 38 av dödsoffren är skolelever, enligt Mpondwes borgmästare Sevelest Mapoze. Även en vakt och två personer som befann sig utanför skolan uppges ha dödats i attacken.
Tillståndet för ytterligare åtta personer som har förts till sjukhus beskrivs som kritiskt.
Den islamistiska rebellgruppen ADF, med kopplingar till terrorrörelsen IS, misstänks ligga bakom attacken.
Enligt Fred Enanga flydde gärningspersonerna mot nationalparken Virunga i Kongo-Kinshasa och jagas av armé- och polisstyrkor. Med sig har de minst sex kidnappade personer, uppger Ugandas militär.
ADF, som ursprungligen var rebeller i Uganda, har sedan 1990-talet varit baserade i Kongo-Kinshasa. Sedan dess har de anklagats för att ha dödat tusentals civila.
I januari i år tog ADF på sig en attack i en bar i östra Kongo-Kinshasa, i vilken minst 20 personer dödades.