Anläggningen i landets nordöstra delar används för att ta fram radioaktiva isotoper för medicinsk och industriell användning. IAEA gör bedömningen att skadorna inte borde leda till några konsekvenser för strålningen.
Trots det belyser händelsen i söndags riskerna för Ukrainas atomanläggningar, enligt IAEA.
"Vi har redan haft flera händelser som hotat säkerheten vid Ukrainas atomanläggningar", säger organets generaldirektör Rafael Mariano Grossi i ett uttalande.
"Vi måste vidta åtgärder för att hjälpa till att förhindra en kärnkraftsolycka i Ukraina som kan få allvarliga följder för folkhälsan och miljön. Vi har inte råd att vänta", säger han.