Enligt Energoatom stoppades Murasjovs bil av ryska styrkor som försatte honom med ögonbindel och förde honom till en okänd plats, rapporterar AP.
Frihetsberövandet hotar säkerheten i Ukrainas och Europas största kärnkraftverk, säger Energoatomchefen Petro Kotin, som kräver att Ryssland friger Murasjov omedelbart.
Kärnkraftverket ligger i regionen med samma namn som under gårdagen annekterades olagligen av Ryssland, tillsammans med ukrainska Cherson, Luhansk och Donetsk.
Ryssland har inte kommenterat anklagelserna, som inte heller bekräftats av Internationella atomenergiorganet IAEA som har personal på plats i kärnkraftverket.
Samtidigt uppges Ukrainas motoffensiv fortsätta gå framåt.
Enligt den amerikanska tankesmedjan ISW har ukrainska styrkor omringat staden Lyman i Donetsk och väntas återerövra den inom de närmsta dagarna.
Tidigare i veckan uppgav Ukrainas regionale militäre ledare Andrij Kanasjevytj att staden Kupjansk i östra Charkivregionen helt återtagits.