– Det är där er väg mot Europa och Europeiska unionen börjar, sade hon under en presskonferens med Zelenskyj i Kiev, skriver AFP.
von der Leyen och EU:s utrikeschef Josep Borrell besökte Ukraina på fredagen för att visa sitt stöd för landet. Samtidigt säger von der Leyen att Rysslands framtid är mörk.
– Ryssland kommer att rasa ner i ekonomiskt, finansiellt och tekniskt förfall medan Ukraina marscherar mot en europeisk framtid.
Hon syftar på de hårda sanktioner som omvärlden infört mot Ryssland till följd av invasionen av Ukraina.
Zelenskyj efterlyser fler sanktioner
Ukrainas president säger att han är tacksam för de sanktioner som EU redan har infört, men säger att "de inte är tillräckliga".
– De tog många saker från oss, territorium, människor. Vi kan återta landet men vi kommer aldrig att få tillbaka folket, säger Zelenskyj.
Han säger också att Ryssland måste ställas till svars för sina handlingar.
Besökte Butja
Ursula von der Leyen och Borrell besökte på fredagen även en massgrav i staden Butja i Ukraina.
Butja ligger nordväst om huvudstaden Kiev och ryska styrkor anklagas för att ha begått grymma krigsbrott mot civila i staden, där massgravar hittats.
På Twitter skriver von der Leyen att det var viktigt att inleda Ukrainabesöket i Butja, för att "mänskligheten krossades" där.
"Mitt budskap till det ukrainska folket: De som är ansvariga för grymheterna kommer ställas inför rätta. Er kamp är vår kamp. Jag är i Kiev i dag för att berätta för er att Europa är på er sida", fortsätter hon.
Borell startar projekt
Också Borrell twittrar om starka upplevelser vid massgraven. Han säger att de krigsbrott som begåtts i Butja måste utredas.
EU:s rådgivande uppdrag i Ukraina (EUAM) kommer att stödja den ukrainska riksåklagaren genom att tillhandahålla utbildning och utrustning för utredning och insamling av bevis, skriver Borrell.
"Jag startar också ett projekt värt 7,5 miljoner euro (motsvarande cirka 77 miljoner kronor) för att stödja datainsamling av försvunna personer", skriver han.
Ska träffa Zelenskyj
Tidigare på fredagen twittrade von der Leyen att hon ser fram emot besöket i Ukraina. I inlägget syntes en bild på henne tillsammans med Borrell och Slovakiens premiärminister Eduard Heger.
Heger twittrade att de tre kommer till Kiev med förslag om handel och humanitär hjälp till Ukrainas president Zelenskyj och hans regering.
På lördag ska Ursula von der Leyen bland annat leda ett globalt givarmöte för Ukraina i Warszawa, med bland andra Kanadas premiärminister Justin Trudeau och Polens president Andrzej Duda.