"Men anläggningen fortsätter att leverera el till nätet genom en reservledning, informerades IAEA om på platsen i dag", uppger organet i ett uttalande på lördagen.
Det är den fjärde och sista huvudkraftledningen som nu kopplats bort. De tre andra kopplades bort tidigare under kriget.
Dessutom har en reaktor varit frånkopplad på lördagseftermiddagen på grund av nätbegränsningar. En annan reaktor är fortfarande i drift och producerar elektricitet, står det i uttalandet.
Det av Ryssland installerade ockupationsstyret i staden Enerhodar, där kärnkraftverket ligger, hävdar att beskjutning på lördagsmorgonen gjorde att en huvudkraftledning förstördes. Det Moskvatrogna lokalstyret anklagar Ukraina för att ligga bakom beskjutningen. Ukraina har riktat motsvarande anklagelser mot Ryssland.
Driftstopp på lördagsmorgonen
På morgonen stoppades reaktorerna i kärnkraftverket. Uppgifterna om driftstoppet bekräftades både av Ryssland och Ukraina.
Striderna kring Europas största kärnkraftverk har lett till flera tidigare stopp. IAEA har beskrivit situationen som mycket oroande. Internationella Röda korset har varnat för att striderna kan "utlösa en förödelse som vi kommer att ångra i decennier".
Under lördagen meddelade även Turkiets president Recep Tayyip Erdogan i ett telefonsamtal med sin ryske kollega Vladimir Putin att han är villig att medla i den pågående konflikten om Zaporizjzja. Erdogan uttryckte redan för en månad sedan oro för situationen vid verket under ett möte med den ukrainske presidenten Voldymyr Zelenskij i Lviv, enligt AFP.
Zaporizjzja har sex reaktorer, men bara nummer 5 och 6 har varit i gång på sistone – och så sent som på torsdagen utlöste artillerield i närheten snabbstopp av reaktor 5.
Ryska logistikproblem
Samtidigt gör uppgifter från det brittiska försvardepartementet gällande att ukrainska styrkor troligtvis har uppnått en viss överraskningseffekt under den pågående offensiven väster om floden Dnipro i den ryskockuperade Chersonregionen.
Det brittiska försvarsdepartementet skriver i sin dagliga underrättelserapport om kriget att de ukrainska styrkorna dragit fördel av "bristfällig logistik, administration och ledarskap" inom den ryska militären.
Sedan den 29 augusti har ukrainska styrkor genomfört förnyade offensiver i södra Ukraina. Den av Ryssland ockuperade Chersonregionen är strategiskt viktig och regionens huvudort Cherson delas av den stora floden Dnepr.
Tusentals civila offer
Från FN:s människorättsorgan OHCHR rapporteras att hittills 5 663 civila dödats sedan Ryssland den 24 februari inledde sitt anfallskrig mot Ukraina.
Den statliga ukrainska nyhetsbyrån Ukrinform, som citerar siffror från landets inrikesdepartement, uppger i stället att 7 000 ukrainska civila dödats sedan Rysslands invasion.
I slutet av augusti uppgav den ukrainske överbefälhavaren Valerij Zaluzjnyj att närmare 9 000 av landets soldater hittills har dödats i kriget, vilket rapporterades av såväl ukrainska Ukrinform som ryska Interfax.