Samtalet varade i en och en halv timme, enligt Élyséepalatset. Det är det tredje samtalet ledarna emellan sedan den ryska invasionen av Ukraina inleddes för en vecka sedan.
Macron ska efter samtalet ha ringt Ukrainas president Volodymyr Zelenskyj i Kiev.
Lovade fortsatta strider
Enligt en medarbetare till den franske presidenten rättfärdigade Vladimir Putin i samtalet invasionen med att det handlar om att "avnazifiera" Ukraina. Medarbetaren beskriver Putins kommentarer som "chockerande och oacceptabla".
Macron ska ha replikerat med att säga att president Putin ljuger.
Vladimir Putin slog i samtalet fast att Ryssland tänker fortsätta strida "kompromisslöst" mot vad han kallar "militanta väpnade nationalistgrupper", enligt Kreml.
Han sade också att alla försök att fördröja förhandlingarna bara kommer att leda till utökade krav på Kiev från Rysslands sida.
Samtal i Belarus
Putin förklarade även för Macron att han inte håller med om det den franske presidenten talade om i onsdagens tal till nationen. Macron sade då bland annat att invasionen av Ukraina innebär "en ny era" för Europa och att de europeiska staterna måste rusta upp försvar och energiproduktion.
Ryssland och Ukraina genomför under torsdagen en andra omgång samtal i regionen Brest i Belarus, nära gränsen till Polen. De första samtalen i måndags ledde inte till några kända genombrott.