Det uppger den franska regeringen. Kreml säger samtidigt att de två ledarna hade ett "seriöst" och "uppriktigt" samtal om den militära insatsen där Putin ska ha get sin förklaring till Moskvas agerande.
Samtalet är det första rapporterade mellan Putin och en västledare sedan Ryssland gick in i Ukraina tidigt på torsdagsmorgonen.
Paris uppger att Macron inför samtalet hade pratat med Ukrainas president Volodymyr Zelenskyj och även varnade Putin om att fortsatt aggression kommer att leda till stora sanktioner.
Macron har varit aktiv i dialogen med Putin. För två veckor sedan var han på blixtbesök i Moskva för att försöka undvika en väpnad konflikt och bara dagar innan Ryssland anföll Ukraina talade ledarna i ett 105 minuter långt telefonsamtal.
USA:s president Joe Biden sade i Washington på torsdagen att han inte har för avsikt att prata med Putin.
Och helt isolerad är den ryske ledaren inte. Under torsdagen avslutade Pakistans premiärminister Imran Khan ett sedan månader inplanerat besök i Moskva.