Dilbar har legat i torrdocka i Hamburg för en uppgradering men har hittills inte tagits i beslag av myndigheterna.
Tullen har i veckor försökt få tillstånd att beslagta lyxkryssaren, men stoppats på grund av oklart formellt ägarförhållande. Det har efter utredningar nu klarnat.
"Lyxkryssaren är nu under sanktioner och har konfiskerats i Hamburg", skriver tysk polis på Twitter.
Dilbar är lång som en och en halv fotbollsplan, den har två helikopterplattformar, sängplats för minst 130 personer och en 25 meter lång simbassäng, den största inomhusbassäng som hittills installerats på en lyxjakt.
Enligt USA:s finansdepartement är lyxkryssaren värd svindlande mellan motsvarande sex och sju miljarder kronor, och bara kostnaden att ha den i drift ligger på nära 600 miljoner kronor om året.
Alisjer Usmanov äger även en privatjet, en Airbus A 340-300, som beräknar ha kostat upp emot fem miljarder kronor.
Usmanov, med beräknade tillgångar på över 17 miljarder dollar, är enligt BBC en av president Vladimir Putins favoritoligarker. Han står även nära Dimitrij Medvedev, biträdande ordförande i det ryska säkerhetsrådet och tidigare president och även premiärminister.
Enligt det amerikanska finansdepartementet har Usmanov gigantiska tillgångar i flera stora sektorer, både i Ryssland och internationellt. Via sitt holdingbolag USM äger han stora andelar i bland annat gruv- och metallindustrin, telesektorn och informationsteknologisektorn.