"Regeringen ska säkra att verksamheten på verket är en integrerad del av federala tillhörigheter" meddelar Putin i det exekutiva presidentbeslutet på onsdagen.
Det ukrainska energibolaget Energoatoms chef Petro Kotin säger i sin tur att verksamheten på Europas största kärnkraftverk ska styras från huvudstaden Kiev, med ukrainska arbetare på verket.
Utspelen från Kiev och Moskva följer på händelser då platschefen för kärnkraftverket, Ihoj Murasjov, fördes bort av ryska styrkor. I måndags sade Internationella atomenergiorganet IAEA:s chef Rafael Grossi att Murasjov släppts av ryska styrkor.
Mitt i stridslinjen
Den enorma anläggningen i södra Ukraina ligger mitt i stridslinjen mellan ukrainsk militär och ryska invasionsstyrkor.
Kärnkraftverket ockuperades av ryska styrkor i våras. Men strider, beskjutning och militär verksamhet runt verket ses som ett direkt hot mot säkerheten – och med en kärnkraftskatastrof som risk.
Ukraina anklagar Ryssland för attacker mot kärnkraftverket, medan Moskva säger att ukrainska styrkor angripit verket.
Verkets sista verksamma reaktor stängdes ned förra månaden på grund av säkerhetsrisken.
Rafael Grossi är på väg till Kiev för samtal om verkets framtida styrning, skriver AFP.
Utvecklingen om Zaporizjzja pågår parallellt med en intensifierad ukrainsk offensiv i Luhansk, enligt regionale guvernören Serhij Hajdaj. Uppgifterna har inte kunnat bekräftas av oberoende källor.
"Återtagandet av regionen Luhansk har officiellt redan inletts. Flera byar har redan befriats från den ryska armén, och de ukrainska styrkorna hissar den ukrainska flaggan", skriver Hajdaj via meddelandeappen Telegram.
Guvernörens utspel kom strax efter det att president Vladimir Putin skrivit under den lag som formellt införlivar regionen – tillsammans med Donetsk, Cherson och Zaporizjzja – i Ryssland.
Underskriften var det sista formella steget i den folkrättsvidriga ryska annekteringsprocessen. Tidigare i veckan godkände det ryska under- och överhuset annekteringen, som innefattar runt 18 procent av Ukrainas territorium. Annekteringen döms ut av merparten av omvärlden.
"Kommer inte återlämnas"
Under en pressträff i Moskva medger Kremls talesperson Dmitrij Peskov delvis de ryska nederlagen. På en fråga om gränsdragningen för annekterade Cherson och Zaporizjzja svarar Peskov att "vissa områden i de regionerna fortfarande måste befrias".
Peskov säger vidare att de regioner som Moskva utropat som ryska "kommer att vara ryska för alltid och inte återlämnas".
Ukrainas president Volodymyr Zelenskyj säger i sin tur att armén är i färd med en snabb och kraftfull framryckning i söder.
Försvarsalliansen Natos generalsekreterare Jens Stoltenberg upprepar stödet till Ukraina, och säger att leverans av bland annat krigsmateriel ska utökas:
"Ryssland kan stoppa kriget som det har startat. Nato kommer att bibehålla eller öka stödet till Ukraina så länge som det behövs" skriver Stoltenberg på Twitter.