Soldaten anklagas för att ha avlossat sitt automatvapen från fönstret på en bil mot den cyklande mannen. Anledningen var att 62-åringen blivit vittne till när soldaten tillsammans med fyra kamrater kapade en bil, enligt åklagaren.
"En av soldaterna beordrade den misstänkte att döda en civil för att denne inte skulle kunna rapportera dem", sade statsåklagaren Iryna Venediktova i ett uttalande i torsdags.
"Mannen dog på platsen bara några meter från sitt hem."
Händelsen inträffade i byn Tjupachivka i Sumyregionen i nordöstra Ukraina den 28 februari. Soldatgruppen var på flykt från ukrainska styrkor efter att deras konvoj förstörts.
Rättegången, som inleddes i Kiev på fredagen, väntas bli den första i raden av prövningar gällande krigsbrott till följd av Rysslands invasion av Ukraina den 24 februari.
Den unge ryssen står åtalad för krigsbrott och mord. Han riskerar mellan 10 och 15 års fängelse eller livstid.
Enligt åklagarna har han medgett att det var han som sköt. Men hans försvarsadvokat säger att de ännu inte tagit ställning till anklagelserna.
Efter en kort första dag i rätten meddelade domaren att förhandlingen fortsätter den 18 maj.
Ukrainas åklagarmyndighet har tidigare sagt att man utreder över 10 700 fall av misstänkta krigsbrott med över 600 misstänkta.