I robotattacken ska även en brand ha brutit ut i ett höghus, enligt stadens guvernör Oleh Kiper. Branden kunde dock släckas snabbt.
En civilperson vårdas för splitterskador efter attacken, skriver Kiper på Telegram.
I juli drog sig Ryssland ur ett avtal som Turkiet förhandlat fram tillsammans med FN för export av spannmål från Ukraina. Sedan dess har Ryssland kontinuerligt utfört attacker specifikt riktade mot ukrainska spannmålslager.
"Ryssarna inser att hamninfrastrukturen är en prioritet för vår region, och att den därför har ett gediget skydd. Därför var den attack som inträffade i kväll också såväl massiv som koordinerad," skriver Natalija Gumenjuk, talesperson för Ukrainas södra militärkommando, på Telegram.
Enligt Ukraina sköts 19 ryska drönare och 11 kryssningsrobotar ned under nattens attack.