Det ryska beskedet om att fortsätta att tillåta spannmålsexport från Ukraina kom sedan Moskva sagt sig ha fått tillräckliga garantier från Kiev.
Avtalet innebär att Ukraina kan lasta och låta fartyg segla ut från hamnar vid Svarta havet för export.
Garantier om säkerhet
Men bara timmar efter att Ryssland sagt sig godkänna en fortsättning av uppgörelsen så valde den ryske presidenten att hota med att lämna avtalet.
– Ryssland behåller rätten att säga upp avtalet om säkerhetsgarantier från Kiev bryts, sade Putin i en tv-intervju.
Varningen kom sedan Moskva meddelat i ett uttalande att "Ryssland anser att de mottagna garantierna är tillräckliga för tillfället och återupptar genomförandet av överenskommelsen".
Enligt Turkiets president Recep Tayyip Erdogan ringde Rysslands försvarsminister Sergej Sjojgu sin turkiske motsvarighet Hulusi Akar och informerade om att spannmålsavtalet ska "fortsätta på samma sätt som tidigare" från och med onsdagen.
Uppgörelsen välkomnades av FN:s generalsekreterare António Guterres.
Guterres "fortsätter att ha kontakt med samtliga aktörer för säkerställa en fortsättning och fullständigt genomförande av initiativet", meddelade hans talesperson Stéphane Dujarric i ett uttalande.
Afrika prioriteras
Avtalet, som möjliggör att miljoner ton spannmål kan lämna ukrainska hamnar, förmedlades av FN och Turkiet. Enligt Turkiets president ska leveranser till länder i Afrika prioriteras.
I lördags drog sig dock Ryssland ur, med hänvisning till påstådda ukrainska attacker mot Krim.
Under måndagen och tisdagen lämnade sammanlagt femton fartyg ukrainsk hamn, trots att Ryssland då inte återgått till avtalet.