Tillkännagivandet kommer efter rykten om att general Michail Mizintsev skulle petas från posten. Ryktena florerade bland flera inflytelserika ryska krigskorrespondenter i förra veckan.
Mizintsev befinner sig dessutom under brittiska sanktioner för sin roll i belägringen av Mariupol, som Ryssland ockuperade för ett år sedan.
Det ryska försvarsdepartementet sade i ett uttalande på söndagen i ett uttalande att Mizintsev ersätts av Aleksej Kuzmenkov, som arbetat inom nationalgardet, på posten.
"Kuzmenkov har tillsatts biträdande försvarsminister med ansvar för underhållsfrågor inom de väpnade styrkorna", enligt uttalandet.
Oklara omständigheter
Den exakta orsaken om varför Mizintsev – efter blott sju månader – får lämna sitt uppdrag framgår inte.
Mizintsev, som av många medier i väst kallas för "slaktaren i Mariupol", fick rollen som logistikchef i samband med att Rysslands president Vladimir Putin beslutade om mobilisering i september.
Kremls offensiv i Ukraina har visat att den ryska armén lider av allvarliga problem med underhåll, vilket blev särskilt tydligt under förra årets mobiliseringskampanj.
Ryska uppgifter om attack
I västra Ryssland uppges fyra civila ha dödats i en ukrainsk robotattack mot byn Suzemksa i regionen Brjansk, hävdade guvernören Aleksander Bogomaz på söndagen. Enligt Bogomaz sköts flera av robotarna ned av det ryska luftvärnet.
Byn ligger omkring en mil från gränsen mot Ukraina.
Ukraina har inte kommenterat uppgifterna, som inte heller har kunnat verifieras av oberoende källor.