Omfattande övergrepp har rapporterats och massgravar har hittats i staden, vilket har väckt internationell bestörtning.
Under sitt besök träffade Annalena Baerbock bland annat invånare i staden. Hon sade att Butja är en plats där "de värsta tänkbara brotten har hänt".
– Vi är skyldiga offren att inte bara minnas här, utan också att hålla förövarna ansvariga. Det här är vad vi kommer att göra som internationellt samfund, det är löftet som vi kan och måste ge här i Butja, säger hon.
– Ingen kan ta bort smärtan … men vi kan garantera rättvisa.
Tyskland kommer att återöppna ambassaden i Kiev, berättade utrikesministern också under besöket.
– Vi kommer snart att åter etablera en minimal närvaro vid vår tyska ambassad i Kiev, sade Baerbock.
Även Nederländernas utrikesminister Wopke Hoekstra besökte svårt krigsdrabbade områden nära Kiev på tisdagen.
"De utbombade husen och byggnaderna illustrerar vilken inverkan kriget har haft på livet för män, kvinnor och barn som bor här. Dessa handlingar kan inte förbli ostraffade", twittrar han.